El Goierri se mantuvo a salvo de las invasiones romanas y árabes (a pesar de todo, se han encontrado algunos restos de la época romana bajo el castillo Jentilbaratza de Ataun), y en aquel tiempo se cree que el Goierri estuvo habitado por la tribu de los várdulos.

Ya en la Edad Media, Guipúzcoa pasa a formar parte de la Corona de Castilla en el año 1.200 y Alfonso X el Sabio, rey de Castilla, para defender su reino de los navarros, funda las villas de Segura y Villafranca en 1.256. Estos años están marcados por un clima de inseguridad en la comarca y esto hace que las villas se unan entre sí para defenderse de los ataques.

En el siglo XV estalla la Guerra de los Bandos (Gamboinos y Oñacinos) que enfrentará a los Parientes Mayores entre sí, por lo que, debido a los continuos enfrentamientos, el rey Enrique IV ordena demoler o trasmochar las casas-torre en 1.457, entre las que se encuentran el Palacio de Yarza (Beasain), la casa-torre de Zerain y la de Lazkao. Con la incorporación del reino de Navarra a Castilla, la comarca del Goierri deja de ser una zona fronteriza y por otro lado, la Hacienda Real se encontraba en necesidad económica; esto da origen a que las villas que se encontraban unidas a otras soliciten independizarse y obtener el título de villa (Felipe III y Felipe IV conceden estos títulos a prácticamente todos los pueblos entre 1615 y 1661).

Durante la Guerra de la Independencia, toda la comarca estuvo tomada por tropas francesas y durante la Guerra Carlista, el general Zumalakarregi sitúa su cuartel general en Beasain. A comienzos de este siglo los propietarios de las ferrerías se asocian y se fundan las primeras empresas; al estallar la Guerra Civil, Goierri es tomado por las tropas insurrectas contra la República y en 1.937, al comenzar la dictadura franquista, son abolidos los conciertos económicos de Guipúzcoa.